De theorie dat deze kerk werd gebouwd door keizerin Eudocia (aanwezig in Jeruzalem in 438-39 en 443-460) is onzeker. Het lijkt waarschijnlijker geassocieerd te worden met Juvenal, bisschop van Jeruzalem in het midden van de 5e eeuw. Sommige manuscripten van Johannes 5 hebben een extra regel waarin staat dat mensen „wachtten op het verplaatsen van het water. Van tijd tot tijd kwam er een engel van de Heer naar beneden en roerde het water op.
De eerste die na elke verstoring het zwembad in ging, zou genezen worden van elke ziekte die ze hadden. Dat gezegd hebbende, zou de extra regel in Johannes 5 de opmerking van de invalide man verklaren over het water dat beweegt en dat de eerste persoon in het zwembad genezen wordt. Maar of het zwembad nu bovennatuurlijke genezing bracht (vergelijkbaar met Naaman die werd genezen toen hij in de Jordaan baadde) of gewoon een medicinale plaats was, het had blijkbaar nog steeds de reputatie mensen te genezen. Het zwembad van Bethesda bevond zich aan de oostkant van de stad, vlakbij het fort van Antonia.
De naam Bethesda betekent huis van barmhartigheid. De waterbron was een nabijgelegen bron. Het zwembad had vijf portieken en volgens de Bijbel bestond er een traditie dat een engel op bepaalde momenten het water verplaatste en de zieken genas. Hier in de poel van Bethesda genas Jezus de man die achtendertig jaar lang kreupel was.
Recente archeologische vondsten hebben opnieuw het Bijbelse verslag bevestigd, dat er vijf portieken waren en dat de vijfde het rechthoekige zwembad in twee afzonderlijke compartimenten verdeelde. Josephus schreef over de Pool of the Sheep-market. Het evangelie van Johannes beschrijft dat de poelen vijf portieken hebben. Het zwembad heeft een extreme diepte van 13 meter.
De site werd in 1888 ontdekt door K. Voordien dachten geleerden niet dat de Pools van Bethesda bestonden. Het zwembad bevindt zich onder de oppervlakte. Daarom duurde het zo lang om de site te ontdekken.
De poelen werden oorspronkelijk geassocieerd met genezing, maar onlangs ontdekten archeologen dat de poelen ook een mikveh of zuiveringsbad waren. Er is ook discussie over de vraag of Joden het zwembad gebruikten voor ritueel baden (een belangrijk onderdeel van de wetten van het Oude Testament over schoon blijven en het vermijden van „onreinheid”), of dat het een geneeskrachtig zwembad was dat de Romeinen bouwden bij een van hun heidense tempels. Opgravingen brachten een rechthoekig zwembad aan het licht dat aan alle vier de zijden werd begrensd door portieken, waarbij de vijfde portiek de scheidslijn vormt tussen het bovenste en onderste deel van het zwembad. Het zwembad wordt verondersteld door de geschiedenis heen te zijn gebruikt voor rituele baden, evenals een plek waar invaliden wachtten om in het zwembad te stappen voor genezing.
De pelgrim uit Bordeaux noemde ze in het begin van de 4e eeuw na Christus de dubbele zwembaden, maar noemde geen poort, terwijl andere geschriften uit de 4e en 5e eeuw ook de plaats van het zwembad vermelden, waaruit blijkt dat de ruïnes van het zwembad bekend en bezocht waren tijdens de laat-Romeinse en Byzantijnse periode (Itinerarium) Burdigalense; Cyrillus van Jeruzalem; Jerome). Terwijl het debat over de authenticiteit van de verzen 3b en 4 met betrekking tot het eerdere geloof van genezing in het zwembad voortduurt vanwege de afwezigheid van die verzen in verschillende vroege exemplaren van het Evangelie van Johannes, tonen de verzen 6 en 7 aan dat er een soort genezingstraditie aan de pool verbonden was. Om te herdenken dat Jezus de kreupele man aan de Poel van Bethesda had genezen, voegden christenen die Jeruzalem beheersten in de latere Byzantijnse en kruisvaardersperiode een kapel en kerken toe die nu het Bethesda Pool-complex bedekken. In de meeste vertalingen wordt in de originele Griekse tekst van Johannes ook een „schapenpoort” weergegeven als er geen woord is „poort”, terwijl bronnen uit de oudheid het zwembad of de schapenpoel vermelden, maar niet de schapenpoort bij het zwembad.
Enkele van de meest opvallende kandidaten voor de „Bethesda-pool” waren de Birket Israel (Pool of Israel), gelegen nabij de monding van de Kidron-vallei, aan de oostkant van de oude stad van Jeruzalem, en de nu genaamd Fontein van de Maagd, in de Kidron-vallei, niet ver van de Poel van Siloam. Rond 200 voor Christus, in de tijd van het Seleucidische Rijk, werd in het oosten een uitbreiding van het oorspronkelijke zwembad gebouwd, waarbij in wezen een paar dubbele zwembaden van ongeveer 13 meter diep waren, of een boven- en onderverdeling van één groot zwembad. Het onderste zwembad werd gebruikt als mikveh, terwijl het bovenste zwembad een reservoir was dat het onderste zwembad van schoon water voorzag. Hoewel Nehemia verwijst naar een schapenpoort die in de 5e eeuw voor Christus in Jeruzalem werd gebouwd, en misschien zelfs in de buurt van de Poel van Bethesda, suggereert al het bewijs dat Johannes verwees naar een zwembad en niet naar een poort.
100 jaar later, toen het zwembad zorgvuldiger werd geëvalueerd, ontdekten archeologen echter dat er twee poelen waren. De kerkleider uit de 4e eeuw in Jeruzalem, Cyril, moet op de hoogte zijn geweest van de architectuur van het zwembad voordat er een kerk op de site werd gebouwd, aangezien hij terecht opmerkte dat de vijf portieken aan vier zijden rond het zwembad zouden liggen, waarbij de vijfde portiek een scheiding vormt tussen de bovenste en onderste portiek sectie. .
